This post is also available in: English-US (英語)

dendrogram を作成しようとして scipy.cluster.hierarchy.linkage を利用している際、下記のようなエラーに遭遇したので、備忘録的にメモを書いています。

Distance matrix 'X' must be symmetric

まず最初に、must be symmetric とエラー内容にある通り、「.shape」で確認してみて、matrix 'X' が symmetric になっているかどうか確認しました。

次に、距離行列なので、公式ドキュメントにある通り「有限の数値」である必要がありますが、今回のケースでは infs が含まれている事が原因でした。

All elements of the condensed distance matrix must be finite, i.e. no NaNs or infs.
https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.linkage.html