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dendrogram を作成しようとして scipy.cluster.hierarchy.linkage を利用している際、下記のようなエラーに遭遇したので、備忘録的にメモを書いています。
Distance matrix 'X' must be symmetric
まず最初に、must be symmetric とエラー内容にある通り、「.shape」で確認してみて、matrix 'X' が symmetric になっているかどうか確認しました。
次に、距離行列なので、公式ドキュメントにある通り「有限の数値」である必要がありますが、今回のケースでは infs が含まれている事が原因でした。
All elements of the condensed distance matrix must be finite, i.e. no NaNs or infs.
https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.linkage.html